Le logiciel⚓
Complément : Se procurer le logiciel Avogadro
Avogadro est un logiciel de construction de molécules, libre et gratuit. Il permet de visionner la structure des molécules dans l'espace. Avec les modèles moléculaires classiques à construire, c'est le seul moyen d'accéder simplement à la géométrie d'une molécule.
Il est de plus possible d'effectuer des mesures de longueurs de liaisons covalentes et d'angles entre liaisons.
La fiche de prise en main rapide est disponible : Mode d'emploi simplifié du logiciel Avogadro.
Vous pouvez télécharger une archive avec un ensemble de molécules à ouvrir avec le logiciel : molécules à visionner avec Avogadro.
Quelques molécules⚓
Exemple : Molécule d'acide formique
![](../res/Formique.gif)
Exemple : Molécule de cyclohexane
![](../res/Cyclohexane.gif)
Exemple : Molécule d'ammoniac
![](../res/Ammoniac_Anime.gif)
Exemple : Molécule de trinitrotoluène
![](../res/TNT.gif)
Construction de molécules simples et mesures à l'aide du logiciel⚓
Mesure de la longueur de la liaison O-H et de l'angle des liaisons dans une molécule d'eau
Pour construire une molécule d'eau, il suffit de placer un atome d'oxygène. Le logiciel complète automatiquement avec des atomes d'hydrogène.
Avec l'outil Mesures, en sélectionnant les trois atomes (atome d'hydrogène, atome d'oxygène et atome d'hydrogène dans cet ordre), on obtient la longueur d'une liaison OH ainsi que l'angle matérialisé sur la molécule.
Le logiciel nous donne ici :
\(d_{OH}=0{,}990\ \mathring{A}=0{,}990\times 10^{-10}\ m\)
\(\widehat{HOH}=104{,}5\ °\)
![](../res/MesureMoleculeEau.png)
Comparaison des longueurs des liaisons simples et doubles entre atomes de carbone
On compare deux molécules simples contenant deux atomes de carbone :
l'éthane où la liaison est simple
l'éthylène où la liaison est double
En sélectionnant chaque atome de carbone avec l'outil Mesures, on obtient les résultats suivants :
\(d_{C-C}=1{,}519\ \mathring{A}\)
\(d_{C=C}=1{,}332\ \mathring{A}\)
On en conclut donc que la multiplicité de la liaison carbone-carbone a une influence sur sa taille.
Une liaison double est plus courte qu'une liaison simple.
![](../res/MesureCC_Simple.png)
![](../res/MesureCC_Double.png)
Influence du remplacement d'un atome par un autre
On compare les deux molécules suivantes :
Le méthane CH4 où l'atome de carbone est lié à quatre atomes d'hydrogène.
Le chlorométhane CH3Cl où on remplace un atome d'hydrogène par un atome de chlore (Cl).
Dans le cas du méthane, Avogadro donne les mesures suivantes :
\(d_{C-H}=1{,}109\ \mathring{A}\)
\(\widehat{HCH}=109{,}5\ °\)
Dans le cas du chlorométhane, Avogadro donne les mesures suivantes :
\(d_{C-H}=1{,}109\ \mathring{A}\)
\(d_{C-Cl}=1{,}778\ \mathring{A}\)
\(\widehat{HCCl}=109{,}5\ °\)
La liaison carbone hydrogène n'est pas affectée par la présence de l'atome de chlore.
L'angle des liaisons n'est pas non plus affecté par le remplacement d'un atome d'hydrogène par un atome de chlore.
![](../res/MesuresMethane.png)
![](../res/MesureChloromethane.png)